Le Comité fédéral est l'organe directeur de la FA-FPT.
Il est composé des représentants des composantes telles que définies par les statuts de la FA-FPT, à raison de cinq représentants par fédération nationale spécifique, par syndicat national catégoriel, par union syndicale régionale (les unions interrégionales ont droit à autant de fois cinq représentants qu'elles regroupent de régions administratives) et à raison d'un représentant par syndicat départemental ou d'union départementale lorsqu'il n'existe pas d'union régionale constituée.
Le Comité fédéral est plus particulièrement compétent pour désigner les représentants de la FA-FPT dans les instances paritaires statutaires nationales, les candidats et les représentants dans les instances internationales, les permanents syndicaux de la FA-FPT au plan national (sur proposition du Bureau fédéral), les réviseurs aux comptes. Il approuve les budgets et les comptes de la FA-FPT et a connaissance annuellement des comptes rendus des réviseurs aux comptes sur l'état de la comptabilité fédérale ; il donne quitus au Bureau fédéral.
Le Comité fédéral est chargé des questions statutaires ; il se prononce sur les rapports à soumettre aux Congrès et dresse la liste des invités à ces Congrès. Enfin, il est tenu informé, à chacune de ses réunions, de l'activité fédérale et de celle des composantes de la FA-FPT.
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